深谷遗迹剧情模式中，前3个boss分别是，托克利队长、铁晶兽和构造体魔像，这三个boss的攻击方式都比较简单，大部分都是近战攻击和蓄力攻击，可以技能范围提示，冲刺或者走位躲掉就行。精英模式下，3个boss的招式都会升级，还新增boss劣化托克利长老，战斗中，会召唤劣化体一起攻击，攻击劣化体时，长老会辅助攻击，同时地上还会冒出结晶打断技能，可以观察地面上的提示躲避。

劣化体的招式比较简单，都是近战攻击，保持好距离，等它攻击的间隙快速上前输出就行，解决掉炼化体后，就可以专心解决长老，打碎他脚下的石块，只要掉到地下就能轻松将其击败。深谷遗迹中的最终boss魔女蜜丽亚，剧情模式中本体的技能有3种，第一种会使用跟踪飞弹和地刺组合攻击，只需要绕圈奔跑就能躲避，第二种是固定路线的飞弹，左右快速移动就能躲避，最后是近身攻击，会使用连续三次的近身攻击，最后一下会击飞，可以围着boss绕圈躲避，等技能放完后再攻击。进化体的攻击方式得到了升级，近身攻击变成浮空三连击，并造成范围伤害和击飞效果。攻击前会蓄力，等她蓄力的过程中直接冲刺躲开，等技能释放结束再进行攻击。

挑战精英模式，蜜丽亚新增了特殊阶段，降低到一定血量后就会进入特殊阶段，特殊状态下地图上会生成2个小球，第二次会生成4个小球，如果没有在规定时间内将小球打爆会被直接秒杀。蜜丽亚的攻击都很好躲避，只有精英模式才会有秒杀机制，挑战精英模式的时候，等蜜丽亚进入特殊阶段后，快速靠近小球并将其打碎，就能防止被秒杀，然后躲避技能，等boss真空期输出，就能轻松过关。